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Windows環境におけるpythonでの解析環境の構築マニュアル

注意:このマニュアルに書いてあるソフトウェアをインストールする際には、パソコンの管理者権限が必要です。また、windowsに関しては32bit版を想定しております。

Python

1. http://www.python.org/download/releases/2.6.6/ から、Pythonのバージョン2.6.6の"Windows x86 MSI Installer"をダウンロード
   1. 
2. インストーラーを起動
   1. アイコンをダブルクリックしてインストーラを起動
3. インストーラープログラムを以下の手順で進める
   1. 特に指定が無い画面については、"Next"ボタンを押して先に進めてください。
   2. "Install for all users"を選択して、"Next"ボタンを押す
   3. 画面に書かれているものから変更せずにそのまま"Next"ボタンを押す
   4. File:Data/050998d9a57e931e46c2c70119982d27.png "Next"ボタンを押してインストールを開始する

Numpy

Numpyはオープンソースのpython用の数値計算用のライブラリです。

1. http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.5.1/ から、"numpy-1.5.1-win32-superpack-python2.6.exe"をダウンロード
   1. File:d9f9e4c26024b18dc4b21b099e7f900d.png]]
2. インストーラーを起動
   1. アイコンをダブルクリックしてインストーラを起動
3. インストーラープログラムを以下の手順で進める
   1. 特に指定が無い画面については、"Next"ボタンを押して先に進めてください。
   2. "Python Version 2.6"を選択して"Next"ボタンを押す

Scipy

Scipyはオープンソースのpython用数学、科学、工学のための数値解析モジュールです。

1. http://sourceforge.net/projects/scipy/files/scipy/0.8.0/ から、"scipy-0.8.0-win32-superpack-python2.6.exe" をダウンロード
   1. 
2. インストーラーを起動
   1. アイコンをダブルクリックしてインストーラを起動
3. インストーラープログラムを以下の手順で進める
   1. 特に指定が無い画面については、"Next"ボタンを押して先に進めてください。
   2. "Python Version 2.6"を選択して"Next"ボタンを押す

Matplotlib

Matplotlib is a plotting library for the Python.

1. Visit the official page of matplotlib at http://matplotlib.sourceforge.net/.
2. Click on the download link.
   1. http://gyazo.argmax.jp/data/88d00ceb483579b5c45915a42ad2dbcf.png
3. Download "matplotlib-1.0.1.win32-py2.6.exe".
   1. 
4. Run the installer.
   1. Double click this icon to start installer.
5. Step through the installer program.
   1. Except as otherwise noted, click "Next" to bring forward Installation.
   2. Choice "Python Version 2.6" and click "Next".

Sample code for analyzing neurotycho data in python

Notice the we assume "C:/neurotycho" as download directory. If You have download neurotycho datasets elsewhere, adapt the pathes below.

plotting

#!/usr/bin/python
#-*- coding: utf-8 -*-
import numpy as np
import scipy.io
import scipy
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt

_indir = "C:/neurotycho/20100604_S1_ST_K2_ToruYanagawa_mat_ECoG128-Event3/"

def load_mat(path):
    """
    loading a matlab data using scipy.io
    """
    return scipy.io.loadmat(path)

if __name__=="__main__":
    mat = load_mat(_indir+"ECoG_ch1.mat")#loading ECoG data
    data = mat["ECoGData_ch1"][0]
    event = load_mat(_indir+"Event.mat")##loading event data
    eindex = event["EventIndex"][0]#EventIndex is one-row vector contains indexes when events were occurred in ECoG data.
    fig = plt.figure()
    ax = fig.add_subplot(111)
    ax.plot(data)#plotting ECoGdata
    ax.annotate('Inject anesthetic drug',
                xy=(eindex[0],data[eindex[0]]),
                xytext=(eindex[0]-170000,2000),
                arrowprops=dict(facecolor='black', shrink=0.1,),
                )
    plt.show()

result