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== Matplotlib ==
 
== Matplotlib ==
Matplotlib is a plotting library for the Python.
+
Matplotlibはpython用のグラフ描画の為のライブラリです。
  
# Visit the official page of matplotlib at http://matplotlib.sourceforge.net/.
+
# matplotlibのページ http://matplotlib.sourceforge.net/ にアクセス
# Click on the [http://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/matplotlib/matplotlib-1.0.1/ download] link.
+
# [http://sourceforge.net/projects/matplotlib/files/matplotlib/matplotlib-1.0.1/ download] リンクをクリックしてダウンロードページに移動.
## http://gyazo.argmax.jp/data/88d00ceb483579b5c45915a42ad2dbcf.png
+
## [[File:88d00ceb483579b5c45915a42ad2dbcf.png]]
# Download "matplotlib-1.0.1.win32-py2.6.exe".
+
# "matplotlib-1.0.1.win32-py2.6.exe".をダウンロード
 
## [[File:b3ac9b2154bafd5809b68f8cdf0ac429.png]]
 
## [[File:b3ac9b2154bafd5809b68f8cdf0ac429.png]]
# Run the installer.
+
# インストーラーを起動
## [[File:dea1f1d5e133c39cd9a52559bb8207ab.png]] Double click this icon to start installer.
+
## [[File:dea1f1d5e133c39cd9a52559bb8207ab.png]] アイコンをダブルクリックしてインストーラを起動
# Step through the installer program.
+
# インストーラープログラムを以下の手順で進める
## Except as otherwise noted, click "Next" to bring forward Installation.
+
## 特に指定が無い画面については、"Next"ボタンを押して先に進めてください。
## [[File:cd94b01550095502721ca4acc5747f28.png]] Choice "Python Version 2.6" and click "Next".
+
## [[File:cd94b01550095502721ca4acc5747f28.png]] "Python Version 2.6"を選択して"Next"ボタンを押す
  
= Sample code for analyzing neurotycho data in python =
+
 
Notice the we assume "C:/neurotycho" as download directory. If You have download neurotycho datasets elsewhere, adapt the pathes below.
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= Pythonを用いてneutorychoのデータを扱うSample =
== plotting ==
+
neurotyhcoのデータは、"C:/neurotycho"以下に保存して解凍してあることを前提に進めます。別の場所に保存している場合は、そこを適宜読み替えて進めてください。
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== ECoGデータのプロット ==
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Sleeping Taskのデータを対象に表示
 
  #!/usr/bin/python
 
  #!/usr/bin/python
 
  #-*- coding: utf-8 -*-
 
  #-*- coding: utf-8 -*-
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=== result ===
 
=== result ===
 
[[File:ca592b24adff54e62f5e2f7af236e919.png]]
 
[[File:ca592b24adff54e62f5e2f7af236e919.png]]
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薬液注入後にECoG波形に明らかな変化があることが分かる。
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== ECoGデータの電極間の相関を求める ==

Revision as of 18:40, 28 February 2011

Windows環境におけるpythonでの解析環境の構築マニュアル

注意:このマニュアルに書いてあるソフトウェアをインストールする際には、パソコンの管理者権限が必要です。また、windowsに関しては32bit版を想定しております。

Python

  1. http://www.python.org/download/releases/2.6.6/ から、Pythonのバージョン2.6.6の"Windows x86 MSI Installer"をダウンロード
    1. 0805d491734b39856b5c8e178c9de66e.png
  2. インストーラーを起動
    1. C926e6405ff303a6c80625204a5b7a9f.png アイコンをダブルクリックしてインストーラを起動
  3. インストーラープログラムを以下の手順で進める
    1. 特に指定が無い画面については、"Next"ボタンを押して先に進めてください。
    2. 743ee27846ed5bd129ed67a12d3bf5de.png "Install for all users"を選択して、"Next"ボタンを押す
    3. 94be0d2c7a90dc5450c1581903b6e2fe.png 画面に書かれているものから変更せずにそのまま"Next"ボタンを押す
    4. File:Data/050998d9a57e931e46c2c70119982d27.png "Next"ボタンを押してインストールを開始する

Numpy

Numpyはオープンソースのpython用の数値計算用のライブラリです。

  1. http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.5.1/ から、"numpy-1.5.1-win32-superpack-python2.6.exe"をダウンロード
    1. File:d9f9e4c26024b18dc4b21b099e7f900d.png]]
  2. インストーラーを起動
    1. 347aa09541427e1dcfb7935f86d5c897.png アイコンをダブルクリックしてインストーラを起動
  3. インストーラープログラムを以下の手順で進める
    1. 特に指定が無い画面については、"Next"ボタンを押して先に進めてください。
    2. 5df43fd3c06be4c91191e64e21ec4999.png "Python Version 2.6"を選択して"Next"ボタンを押す

Scipy

Scipyはオープンソースのpython用数学、科学、工学のための数値解析モジュールです。

  1. http://sourceforge.net/projects/scipy/files/scipy/0.8.0/ から、"scipy-0.8.0-win32-superpack-python2.6.exe" をダウンロード
    1. B5e1b8069c20d716069c8a3eb221b87a.png
  2. インストーラーを起動
    1. 55c0bcade8ab3d8a2c51dd08854a2576.png アイコンをダブルクリックしてインストーラを起動
  3. インストーラープログラムを以下の手順で進める
    1. 特に指定が無い画面については、"Next"ボタンを押して先に進めてください。
    2. A2ee9ebb15add7638912245704e55878.png "Python Version 2.6"を選択して"Next"ボタンを押す

Matplotlib

Matplotlibはpython用のグラフ描画の為のライブラリです。

  1. matplotlibのページ http://matplotlib.sourceforge.net/ にアクセス
  2. download リンクをクリックしてダウンロードページに移動.
    1. 88d00ceb483579b5c45915a42ad2dbcf.png
  3. "matplotlib-1.0.1.win32-py2.6.exe".をダウンロード
    1. B3ac9b2154bafd5809b68f8cdf0ac429.png
  4. インストーラーを起動
    1. Dea1f1d5e133c39cd9a52559bb8207ab.png アイコンをダブルクリックしてインストーラを起動
  5. インストーラープログラムを以下の手順で進める
    1. 特に指定が無い画面については、"Next"ボタンを押して先に進めてください。
    2. Cd94b01550095502721ca4acc5747f28.png "Python Version 2.6"を選択して"Next"ボタンを押す


Pythonを用いてneutorychoのデータを扱うSample

neurotyhcoのデータは、"C:/neurotycho"以下に保存して解凍してあることを前提に進めます。別の場所に保存している場合は、そこを適宜読み替えて進めてください。

ECoGデータのプロット

Sleeping Taskのデータを対象に表示

#!/usr/bin/python
#-*- coding: utf-8 -*-
import numpy as np
import scipy.io
import scipy
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt

_indir = "C:/neurotycho/20100604_S1_ST_K2_ToruYanagawa_mat_ECoG128-Event3/"

def load_mat(path):
    """
    loading a matlab data using scipy.io
    """
    return scipy.io.loadmat(path)

if __name__=="__main__":
    mat = load_mat(_indir+"ECoG_ch1.mat")#loading ECoG data
    data = mat["ECoGData_ch1"][0]
    event = load_mat(_indir+"Event.mat")##loading event data
    eindex = event["EventIndex"][0]#EventIndex is one-row vector contains indexes when events were occurred in ECoG data.
    fig = plt.figure()
    ax = fig.add_subplot(111)
    ax.plot(data)#plotting ECoGdata
    ax.annotate('Inject anesthetic drug',
                xy=(eindex[0],data[eindex[0]]),
                xytext=(eindex[0]-170000,2000),
                arrowprops=dict(facecolor='black', shrink=0.1,),
                )
    plt.show()

result

Ca592b24adff54e62f5e2f7af236e919.png

薬液注入後にECoG波形に明らかな変化があることが分かる。

ECoGデータの電極間の相関を求める