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Windows環境におけるpythonでの解析環境の構築マニュアル

注意:このマニュアルに書いてあるソフトウェアをインストールする際には、パソコンの管理者権限が必要です。また、windowsに関しては32bit版を想定しております。

Python

1. http://www.python.org/download/releases/2.6.6/ から、Pythonのバージョン2.6.6の"Windows x86 MSI Installer"をダウンロード
   1. 
2. インストーラーを起動
   1. アイコンをダブルクリックしてインストーラを起動
3. インストーラープログラムを以下の手順で進める
   1. 特に指定が無い画面については、"Next"ボタンを押して先に進めてください。
   2. "Install for all users"を選択して、"Next"ボタンを押す
   3. 画面に書かれているものから変更せずにそのまま"Next"ボタンを押す
   4. File:Data/050998d9a57e931e46c2c70119982d27.png "Next"ボタンを押してインストールを開始する

Numpy

Numpyはオープンソースのpython用の数値計算用のライブラリです。

1. http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.5.1/ から、"numpy-1.5.1-win32-superpack-python2.6.exe"をダウンロード
   1. File:d9f9e4c26024b18dc4b21b099e7f900d.png]]
2. インストーラーを起動
   1. アイコンをダブルクリックしてインストーラを起動
3. インストーラープログラムを以下の手順で進める
   1. 特に指定が無い画面については、"Next"ボタンを押して先に進めてください。
   2. "Python Version 2.6"を選択して"Next"ボタンを押す

Scipy

Scipyはオープンソースのpython用数学、科学、工学のための数値解析モジュールです。

1. http://sourceforge.net/projects/scipy/files/scipy/0.8.0/ から、"scipy-0.8.0-win32-superpack-python2.6.exe" をダウンロード
   1. 
2. インストーラーを起動
   1. アイコンをダブルクリックしてインストーラを起動
3. インストーラープログラムを以下の手順で進める
   1. 特に指定が無い画面については、"Next"ボタンを押して先に進めてください。
   2. "Python Version 2.6"を選択して"Next"ボタンを押す

Matplotlib

Matplotlibはpython用のグラフ描画の為のライブラリです。

1. matplotlibのページ http://matplotlib.sourceforge.net/ にアクセス
2. download リンクをクリックしてダウンロードページに移動.
   1. 
3. "matplotlib-1.0.1.win32-py2.6.exe".をダウンロード
   1. 
4. インストーラーを起動
   1. アイコンをダブルクリックしてインストーラを起動
5. インストーラープログラムを以下の手順で進める
   1. 特に指定が無い画面については、"Next"ボタンを押して先に進めてください。
   2. "Python Version 2.6"を選択して"Next"ボタンを押す

Pythonを用いてneutorychoのデータを扱うSample

neurotyhcoのデータは、"C:/neurotycho"以下に保存して解凍してあることを前提に進めます。別の場所に保存している場合は、そこを適宜読み替えて進めてください。

ECoGデータのプロット

Sleeping Taskのデータを対象に表示

#!/usr/bin/python
#-*- coding: utf-8 -*-
import numpy as np
import scipy.io
import scipy
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt

_indir = "C:/neurotycho/20100604_S1_ST_K2_ToruYanagawa_mat_ECoG128-Event3/"

def load_mat(path):
    """
    loading a matlab data using scipy.io
    """
    return scipy.io.loadmat(path)

if __name__=="__main__":
    mat = load_mat(_indir+"ECoG_ch1.mat")#loading ECoG data
    data = mat["ECoGData_ch1"][0]
    event = load_mat(_indir+"Event.mat")##loading event data
    eindex = event["EventIndex"][0]#EventIndex is one-row vector contains indexes when events were occurred in ECoG data.
    fig = plt.figure()
    ax = fig.add_subplot(111)
    ax.plot(data)#plotting ECoGdata
    ax.annotate('Inject anesthetic drug',
                xy=(eindex[0],data[eindex[0]]),
                xytext=(eindex[0]-170000,2000),
                arrowprops=dict(facecolor='black', shrink=0.1,),
                )
    plt.show()

result

薬液注入後にECoG波形に明らかな変化があることが分かる。